玉米制种田的苗期管理不同于大田玉米。亲本种子比一般大田杂交玉米的种子自身生活力相对较弱，必须进行精细管理才能获得制种成功。苗期阶段一般指出苗至拔节阶段，是营养生长阶段。生育特征主要是生根和分化茎叶，根系生长较快，地上部叶片生长缓慢，因此，苗期管理的中心就是蹲苗促壮，促进根系发育，达到苗全、苗色正、墩实、粗壮。
玉米制种田苗期管理的主要技术措施：
1、 出苗后及时破膜封口，一般不提倡补苗。出苗后，要防止中午高温烧苗，最好在上午或下午破膜，然后用细土把口封好，以免水分过分蒸发。制种田的缺苗一般不提倡补苗，因为补苗往往赶不上正常播种的苗，容易造成大苗欺小苗，生长不整齐，尤其会造成去雄不彻底现象，增加后期管理难度。
2、 间苗定苗。由于亲本自交系种子拱土能力一般较杂交种弱，出苗率不高，故播种时采取增加播种量的方法来确保出苗率。但这种方法带来的后果就是有部分塘子里出苗过多，必须间苗定苗，保证每塘留两株苗。玉米制种田一般在3~4片叶时进行间苗，5~ 6片叶时定苗。间苗和定苗应在下过雨或浇水后进行，因为这个时候土壤疏松，不易伤着苗。间苗和定苗的原则就是要去大苗、小苗、弱苗、病苗、杂苗，留下匀称的健壮苗。在这里包含了除杂的过程。
3、 防治苗期病虫害。玉米苗期的病虫害较多，主要有地老虎、蚜虫、秆蝇等。要做好病虫害测报工作，一旦发现就要及时防治。
4、 检查隔离情况。认真检查隔离情况，包括区域内是否有种其他玉米现象，区域外是否有制种现象，以及隔离是否达到安全隔离。如果发现有问题就要及时处理，尽量把损失降到最低，以确保种子质量安全。
5、 观察花期。做好花期观察，为调节花期做好准备工作。
