玉米杂交种质量的好坏，直接影响到新品种的推广以及育种单位的经济效益。为避免发生种子质量事故，在玉米杂交制种过程中，防杂保纯成为一项关键的内容。
确保亲本自交系纯度：要选用来源可靠、纯度高的自交系。
严格去杂去劣：至少在苗期、拔节期、抽雄期进行三次去杂去劣。在苗期，根据自交系的特征，如叶色、叶形、长相等结合间苗除去可疑苗；拔节期根据长相及叶的伸展程度结合生长势去杂去劣；抽雄期根据自交系固有的典型性状，将杂株、劣株彻底去除。成熟收穗后，应再根据粒色、穗型进行穗选，剔出全部杂穗。
保证安全隔离：隔离区的设置应做到周围500米内不得种其它玉米，在平原地区隔离区还应增大。空间隔离有困难，可采取时间隔离和屏障隔离。若隔离区内外玉花期相同，将播期错开40天可达隔离目的，若制种田与大田玉米花期不同，播种期应错开40天。屏障隔离可用3.5米以上的屏障如村庄、建筑物、高秆作物等。
母本去雄要及时、彻底、干净：及时，指母本雄穗露出顶叶尚未散粉时立即拔除；彻底，指制种区所有母本雄穗全部拔除，不能遗漏；干净，指整个母本雄穗拔除干净，不留残枝。一般在抽雄期每天拔除一次，不能间断，抽雄末期集中彻底去雄。拔除的雄穗要带出，并远离制种田，并用土掩埋，以防散粉传播。
人工辅助授粉：开花末期的人工辅助授粉可提高结实率，增加产量。应注意采集同一组合的父本花粉，以防混杂。
父母本要分别收贮：先收母本后收父本，母本是配置的杂交种，一定要单独脱粒，单独存放，尽快晾晒、风干，以利贮存；父本可做粮食用，严禁二代父本制种。
