传统习惯上，马铃薯主产区的种薯来源主要是每年收获后偏小的薯块或大薯块，来年播种时再切块。这样保证不了薯块的质量，切块时将人为地使病原菌传播开。
因此马铃薯留种要注意：（1）在马铃薯种植田应留出部分地块作为来年的种薯来源地；（2）在种薯地部分，加大种植密度，生产出个体偏小但数量较多的薯块，达到使用健康种薯播种的目的；（3）加强种薯田的栽培管理，做到高培土，并培土2次以上，以减少病原菌与薯块接触的次数；（4）在种薯收获后2周一1个月之间进行一次药剂防治；（5）若在种薯田发现细菌性病害，则病株周围直径2米以内的薯块不能作为种薯使用。
种薯贮藏宜在通风较好、微光和干燥的地方，应与大量商品薯分开，避免贮藏期病害的发生。
