要想冬小麦获高产，施用种肥是不可忽视的。施种肥的作用主要是为麦苗提供所需的养分。当幼苗刚出来时，根系发育弱，吸收肥水的能力弱，而广大北方麦区在冬小麦播种时，土温已经较低，土壤自身的养分释放缓慢，很可能出现养分供应不上的问题。而冬小麦苗期对于营养的需求数量虽然不多，但很敏感与严格，需要供应少而精的营养。因此，种肥的作用在于保证小麦苗齐苗壮，顺利越冬，及时返青。这是冬小麦获高产的关键之一。此时精施种肥可以提高麦苗抗旱抗寒能力，达到培育壮苗的目的。
种肥施什么肥料呢？种肥最需要的是磷肥。麦苗对磷肥的需要十分迫切，对于磷肥的反应敏感，苗期又是磷素营养的临界期，此时如果供磷不足或严重缺磷，既会出现苗弱和苗不齐。在遇到干旱和寒冷时，还有冻死苗的问题；而过了苗期，以后即使再补施磷肥也不能弥补此时所造成的损失。
因此，种肥适宜的养分配比要以磷为主，配施少量的氮。肥料品种可选复合肥或单质肥。如西北和华北麦区常用的种肥品种有磷酸二铵，在二元复合肥中磷酸二铵和硝酸磷肥都可以用；而长江中下游麦区，最常用的种肥品种是低浓度的过磷酸钙和适量硫酸铵为宜。但尿素、碳酸氢铵和氯化铵等都是不宜做种肥的。由于种肥适宜的养分配比是磷多氮少，通常不要选用高氮复合肥作种肥，以免引起苗不旺或烧苗问题。
种肥施用量多少为合理呢？种肥的用量不能多，要掌握少而精的原则，提倡精量施用。磷酸二铵以5公斤/亩为宜，虽然它数量不多，但可以起到 四两拨千斤 的作用；过磷酸钙以8公斤/亩为宜；硫酸铵不要超过5 公斤/亩为宜。
最后，种肥的施用方法和施肥的位置同样很重要，无论采用机播方式还是畜播方式，种肥都不能直接与麦种接触，要将化肥施在麦种的斜下方两三厘米处，使麦种与常规化肥隔开才安全。
