定植前结合整地清除杂草、提高水位可控制杂草滋生。封行之前要及时人工除草。莲藕主要病虫害有腐败病、叶斑病、蚜虫、斜纹夜蛾等。
腐败病以农业防治为主，微型种藕不带腐败病菌，因此选择无病的田块种植十分重要。叶斑病发病初期宜用70%甲基托布津加百菌清可湿性粉剂800～1000倍液喷叶，7天喷1次，连喷2次。
莲缢管蚜：苗期发现时用40%乐果乳油1500倍液或50%抗蚜威可湿性粉剂1000倍液喷施。斜纹夜蛾：莲叶生长中后期见虫害宜用5%定虫隆（抑太保）乳油2500倍液喷雾，或用52.25%农地乐乳油1000～1500倍液喷雾。
