越冬茬黄瓜容易发生病毒病、细菌性病害、霜霉病、根腐病，应及早采取防病措施。
定植前土壤消毒，预防土传病害。黄瓜需肥量大，在定植前应结合每亩施10～15方鸡粪进行高温闷棚处理，以杀灭土壤中的病菌，使鸡粪充分腐熟。在定植前2天，棚室要加大通风，防止棚内有害气体危害黄瓜苗。定植时穴施生物菌肥，以菌抑菌，防止黄瓜根部病害的发生。
定植后分时期适时用药防治病害。一般来说，黄瓜在定植后4～5天，常发生根腐病和蔓枯病，应在定植后3～4天黄瓜缓苗后及时用药灌根，预防根部病害发生。
黄瓜茎蔓长至1米左右时，容易发生细菌性缘枯病（烂头顶），可以用琥胶肥酸铜加农用链霉素喷雾预防。需要注意的是，很多菜农误认为烂头顶是黑星病，大量喷施氟硅唑等唑类药剂，结果导致黄瓜出现药害。
霜霉病是黄瓜定植后常发生的病害，可在定植10～15天后，用甲霜灵或霜霉威盐酸盐喷雾预防一次；发病后可以用霜脲？锰锌加农用链霉素防治。病毒病在黄瓜定植后也常发生，除调节棚室环境和防治传毒害虫外，及时用吗胍？乙酸铜或宁南霉素喷雾防治。