一、霜霉病同灰霉病、细菌性角斑统称为“三大病害”，一般情况下，霜霉病病菌易和细菌性病害混合发生，给防治带来诸多困难。因此，预防时要多管齐下，方能有效。常见防治药剂有：代森锰锌、烯酞吗啉、霜脲氰锰锌、甲霜灵锰锌，同时混加叶枯唑、中生菌素、松脂酸铜等，适时补充养药，以增强其抗病性。
二、白粉病目前发生普遍，随着黄瓜不断生长及天气温湿度等环境越来越适宜该病发生，更要加强防治。严重时白粉密布整个叶片，可极大影响光合作用，使作物早衰，瓜条产量和品质大大下降。预防为主，缓苗后，用百菌清和多菌灵或甲托交替喷雾保护，效果好。发生后防治结合，摘除病叶，加强棚内通风透光性，连续防治2-3次即可。
三、炭疽病该病也是黄瓜易感染的病害之一，严重时使瓜条表面布满黑点，影响其商品价值，降低经济效益。药剂可选用腈菌唑、溴菌腈等。要以预防保护为主。
四、病毒病一旦发生，尚无根治药剂，病毒可侵染20多种蔬菜作物，尤以西红柿为重，其次是西葫芦，再就是黄瓜等，豆类发生也较普遍，必须做好防治准备。防治药剂多采用农用硫酸链霉素、吗啉呱铜、宁南霉素等
五、细菌性斑点病可用特效药“凯旋”。
六、叶枯病此病为细菌性病害，防治上可参考霜霉病。特效药为“凯旋”。
七、褐斑病新发现的一种新斑点病“靶斑”，病状病征同褐斑，但很难治愈，可选用特效药“名局”，效果好。