番茄运输要求速度快，时间短，尽量减少途中不利因素对果实的影响。番茄运输要求的环境条件基本与短期贮藏一致，其中温度最为重要，成熟果的运输温度以7～10℃为宜，绿熟果则以11～13℃为宜。
按控制运输温度的方式，可分为常温运输、保温运输、控温运输3种。一般铁路各种形式的敞车和箱式货车、公路卡车和水路船舶等都是常温运输工具。常温运输由于没有特殊的隔热保温设备，运输过程中果实质量下降快；气温在冷害和冻害温度以下时不能采用。保温运输车具有良好的隔热结构，外界气温不能迅速改变内部温度，冬季运输时可利用果实的呼吸热维持适宜的温度，夏季运输时则需要先进行预冷，然后利用保温车的隔热性能延缓温度的上升。保温车的温度调节能力有限，运输时间不能过长，适用于中、近距离的运输。控温运输是指在隔热性良好的运输工具中设置降温和加温装置，在夏季运输时，利用制冷装置降温，冬季运输时，可根据需要利用增温设施加温。
运输是在动态条件下进行的，震动对果实的影响不可忽视。一般很小的震动不致引起伤害，但强烈和频繁的长时间震动会使番茄产生不良的生理反映和损伤，致使品质和风味下降。运输前后的装卸中，粗放操作及摔下时产生的强烈震动也会造成很大伤害。因此，番茄果实装卸时除考虑效率和成本外，重要的是保护果实避免机械损伤。番茄在运输车中堆码要稳固，避免碰撞、冲击损伤果实。装载量大时，应在包装容器与车壁之间以及堆垛之中适当留有缝隙，便于通风和热量交换。
番茄销售过程中需注意温度的变化，夏季应避免高温，冬季注意防止冷害和冻害。为了保鲜和销售方便，在销售前可将番茄用塑料薄膜袋和塑料托盘做成小包装形式，如500克左右装一塑料袋或2～3个番茄放在一塑料托盘上，再用粘着膜包裹好。塑料袋和粘着膜上可打几个直径为5～8毫米的孔，以利于换气。这种小包装可以作为一个销售单位，上面还可以标明品种名称、重量、产地、出产日期等。这样即有利于果实的保鲜，又提高了销售档次。
